フレームを使ったページの代表的な造りとして、左枠にメニューがあり、右枠にコンテンツを表示する。という構成があるかと思います。
こういったページの場合、特に要注意です。
ユーザーがホームページに到達するにあたり、Topページからアクセスしてくれるという保証はありません。
ほとんどのユーザーはGoogleなどの検索エンジンで検索を行い、目的の内容が記述されたページからアクセスし始めるでしょう。
とした場合、コンテンツページ（子ページ）のURLに直接アクセスすることになるので、フレームが無い…つまり左のメニューが無い状態で表示されてしまいます。
ユーザーは他のページの存在を知ることはなく、離脱してしまうでしょう。
検索エンジンのクローラーは、HTMLに記述された内容を解析して順位付けをします。
昔のクローラーは、フレームが使用されたHTMLの解析ができなかったらしく、SEOを考慮したHTMLでの使用は厳禁とされてきました。
しかし、現在の進化したクローラーは、フレームが使用されていても解析をしてくれるようです。
とは言え、100％解析してくれるという保障はありません。
フレームを使用せず、1枚のHTMLで表現したページの方が安全であることは言うまでもないでしょう…